نابودی زیستگاه یا تخریب زیستگاه فرایندی است که در آن زیستگاه طبیعی توانایی خود برای پشتیبانی از زیستن جانداران درون خود را از دست می‌دهد. در این فرایند، واحدهایی که پیش‌تر در محل بوده‌اند جابجا یا نابود می‌شوند؛ چنین چیزی کاهش تنوع زیستی را در پی دارد.
چرا زیستگاه ها تخریب می‌شوند؟
نابودی زیستگاه توسط فعالیت‌های انسانی اغلب به منظور بهره‌گیری از منابع طبیعی برای تولیدات صنعتی و شهرسازی انجام می‌شود. پاکسازی زمینها برای فعالیت‌های کشاورزی یکی از دلایل اصلی نابودی زیستگاهها است. از دیگر عوامل مهم می‌توان به معدن‌کاری، چوب‌بری، ترال و گسترش شهرها اشاره کرد. تخریب زیستگاه هم‌اکنون به عنوان نخستین عامل انقراض جانوران در جهان معرفی شده‌است.
افزایش جمعیت
غلبه انسانها در بیوسفر نتیجه افزایش تعداد آنها و پیشرفت فن آوری است. افزایش جمعیت کره زمین در قرن اخیر ناراحت کننده بود و مهمترین دلیل آن کاهش مرگ و میر است. این افزایش ، منابع کره زمین را دچار مخاطره کرده و رفته رفته زیستگاه را تخریب می‌کند.
چشمگیرترین اثر انسان بر اکوسیستمهای طبیعی ، تخریب زیستگاه است این تخریب عمدتا از فشار کشاورزی زیاد ، صنعتی شدن ، شهرنشینی و نیز تخریب منابعی همچون جنگلها ایجاد می‌شود.
گسترش کشاورزی
افزایش زمینهای شاورزی بسیاری از زیستگاهها را تخریب نموده است بطوری که باتلاقها و برکه‌ها در روند کشاورزی خشک شده و تاثیر مساعد آنها بر رویش گیاهی و جانوری از بین می‌رود. نیز آبیاری زمینهای کشاورزی ، مناطق خشکی پسند را نابود می‌سازد.
بسیاری از ساختارهای اساسی جنگلی جهت انجام کشاورزی از بین رفته‌اند این پدیده در مناطق معتدله بیشتر دیده می‌شود.
برهم زدن زمین
این اصطلاح عمومی برای شرح تخریبهایی در سطح زمین استفاده می‌شود که در اثر استخراج مواد معدنی سنگهای معدنی و… بوجود می‌آید. استخراج از معادن باز تاثیر فراوانی بد اکوسیستم دارد زیرا لایه‌های سطحی را به کلی واژگون می‌کند.
استخراج مواد از لایه‌های زیرین زمین اغلب با خروج مواد سمی همراه است و این مواد اکوسیستمهای همجوار را تحت تاثیر قرار می‌دهد و گاهی 50 سال زمان لازم است تا در زمینهای مسموم شده دوباره رویش گیاهی صورت گیرد.
شهرنشینی
افزایش تعداد شهرهای جهان با افزایش جمعیت کره زمین و افزایش صنعتی شده همراه است. سروصدا ، آلودگی و تخریب زمینها از جمله عوامل موثر در تخریب زیستگاه است. همگام با ساخته شدن یک شهر یک اکوسیستم از بین می‌رود ولی از طرف دیگر ، اکوسیستمهای دست ساخته بشر ، در شهر بوجود می‌آیند.